Fatture Elettroniche non inviate tramite Ready Pro

Buongiorno, vi disturbo in quanto ho avuto un problema con il programma nel mese di gennaio e questo mi ha impedito di trasmettere le fatture elettroniche con la solita procedura (Ready-Mydatacloud-Agenzia delle entrate). Per ovviare al problema e non uscire dai canonici 12 giorni per l'emissione ho generato i file XML da Ready pro trasformando le fatture in stato "da inviare al portale", ho estratto il file XML e trasmesso direttamente all'agenzia delle entrate per inviarlo al destinatario.
Adesso avendo risolto il problema con il programma, tornando alla normale procedura mi sono accorto che le fatture trasmesse manualmente non aggiornano il loro stato (immagino perché non siamo presenti in Mydatacloud ma soltanto all'Agenzia) quindi prima di combinare qualche pasticcio vi chiedo,
cosa dovrei fare? Devo trasmetterle al portale Mydatacloud e poi aspettare che si sincronizzino con l'agenzia? o facendo cosi rischio che le fatture siano trasmesse due volte all'agenzia delle entrate?
Rimango in attesa di Vs cortese riscontro
Alessio