Fabio
Premetto che fiscalmente potete rifiutarvi in questo caso di emettere fattura perché il cliente era obbligato a chiederla al momento dell'ordine o del pagamento.
Volendo comunque far l'operazione per cortesia verso il cliente e non per altro, direi che una nota di credito non è l'operazione giusta perché è una nota di credito va a stornare una fattura. Immagino che il documento non fiscale sia stato contabilizzato nei corrispettivi e dovresti quindi usare un documento che poi andrai a totalizzare per stornare quegli importi dai corrispettivi da contabilizzare. Potrebbe andare benissimo anche fare un altro documento non fiscale con importo negativo.
L'importante alla fine è che se hai contabilizzato €100 nei corrispettivi 10 giorni fa, adesso contabilizzerai -€100 altrimenti paghi l'IVA due volte
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