Anagrafica clienti con stessa partita iva

Buongiorno,
  un certo numero di nostri clienti pur facendo riferimento ad una stessa sola partita iva possiede più sedi diverse anche molto distanti tra loro. Dal momento che i clienti spesso dimenticano di indicare la destinazione effettiva di una spedizione, avevamo escogitato l'espediente di creare due anagrafiche diverse con diversi indirizzi, indicando in una la partita iva numerica, nell'altra la stessa partita iva con IT davanti ai numeri. Il tutto ha funzionato sino all'avvento della fatturazione elettronica, con la quale non vengono accettate dallo SDI le fatture aventi partita iva cessionario che comincia con IT. Nel contempo Ready non accetta la stessa partita IVA su due anagrafiche diverse.

Qualche suggerimento per risolvere il problema?

Grazie