iva per corrispettivi e standard

Buongiorno,
vorrei sapere se c'è un modo per importare tutti gli ordini dall' e-commerce con iva standard e da ebay con iva per corrispettivi, in quanto il mio problema è che per gli ordini da ebay non ho nessuna differenza fra il pagamento e la generazione dei pagamenti mentre sul nostro e-commerce quando vado a generare i documenti mi da quasi sempre un centesimo di differenza quindi devo riaprire il documento fatto cambiando l'iva standard i pagamenti si chiudono .
Come possiamo fare?
Grazie per la Vostra collaborazione.